Цели проекта

Пишем движок молекулярной динамики (MD), основанный на представлениях того, что атом - это вихрь, который закручивает субпространственный медиум (далее эфир) или наоборот.

 (прикольная картинка откуда-то - это модель кристалла соли NaCl)

После создания движка MD будем конструировать и проверять различные простые химические соединения, затем попытаемся симулировать биологические системы:

  • изучить биохимию жизни (белки, аминокислоты) и её самоорганизацию
  • симулировать клеточные органоиды различных организмов, простейшие вирусы
  • изучить работу клетки, её митоз, апоптоз, дифференциацию и нештатные режимы работы
  • попытаться перебрать сочетания условий (температура, давление, степень ионизации) для формирования жизни на других базовых принципах, отличных от земных нормальных условий
  • попытаться улучшить органоиды клетки, "прокачать" её метаболизм, устойчивость к внешним факторам, устранить теломерную дегенерацию, улучшить механизм апоптоза и ликвидации раковых клеток, самоомоложение клетки
  • получить новые типы клеток и органов (радиопередающие, лазерные, биоактивная броня, регенерация, децентрализованные жизненно-важные органы, новые типы скелета, мышц итп.)

К читателям

Я отдаю себе отчёт, что читать материалы сайта может совершенно различная аудитория: ортодоксы, нерды, ботаны, профессора, доктора наук(?), "альтернативные учёные", нормальные люди итп. Хочу сделать замечание: всё что я здесь делаю - я делаю для себя. То есть всё это глубоко субъективно. Я не навязываю свою точку зрения, а просто излагаю её 

Мои соображения, прогресс и результаты будут излагаться на одной странице, как "книга"  Ну только немного современная, с интерактивными вставками в виде модулей и возможно видеоматериалами (стримами) с YouTube. Материалы могут меняться, исправляться и удаляться в совершенно разных местах, пока пишется этот сайт, отнеситесь к этому с пониманием 

На момент написания этих строк я слабо представляю себе зачем я это делаю, но у меня есть потребность задокументировать это.

Устройство атома водорода (модель)

Модель рассматривает атом водорода как элементарный вихрь, который существует в эфирной среде. Откуда берется энергия для поддержания ротора - модель не объясняет, потому что пока хз откуда она берется 

(говоря современными терминами квантовой механики - это изображение электронных оболочек атома водорода в фотоионизационной установке, полученное в 2013 году)

В качестве математического аппарата применяется обычный векторный анализ (ротор и дивергенция). 

Как и положено теории, мы сформулируем несколько постулатов или проще говоря - мы введём ограничения на моменты, которые пока не понятны и остаются без объяснений. Возможно со временем эти ограничения будут сняты и постулаты будут не нужны.

  • Пространство заполнено специфической субстанцией - эфиром, по которому распространяются колебания - электромагнитные волны.
  • Эфир скорее всего однородно заполняет пространство, там где нет вещества, то есть представляет собой аналог "идеального газа". Хотя может быть я не очень хорошо понимаю физические основы идеального газа и это сравнение не очень удачное. Но я исхожу из соображений, что космическое пространство не имеет границ и поэтому в пустом пространстве нет каких-то отличительных мест, чтобы эфир ни спроста вёл себя как поток или как ветер. Вблизи материальных тел свойства эфира изменяются под воздействием материи. Материя суть эфира и наоборот. То есть являясь проявлением субпространственных структур эфир взаимодействует с веществом. По сути эфир - это субпространство, которое формирует макромир, являющимся нашим микромиром.
  • Эфир обладает некоторой "плотностью", из за этого колебания распространяются в нём с конечной скоростью. Общепринятое название максимальной скорости распространения - скорость света (c). То есть сам по себе эфир внутренне устроен бесконечно сложно, в виде матрешки субпространств, с меняющейся организацией, но для нашего мира нужны только его глобальные параметры. Скорость света - одна из них.
  • Вещество состоит из атомов - завихрений эфира. Минимальное завихрение, которое ещё способно воздействовать на эфир - это атом водорода. Все остальные атомы - это похоже просто более крупные вихри. Слишком "крупные" вихри разрушаются (радиоактивный распад), слишком мелкие "затухают" в эфире (короткий период жизни), либо представляют собой более мелкие образования субпространства, которые слабо взаимодействуют на нашем масштабе. Мелкие атомы-вихри могут "сливаться" в более крупные при термоядерных реакциях, но для этого им нужно придать достаточно большую кинетическую энергию (температуру).
  • Макроструктура нашего пространства (скопления галактик) формирует фрактально-подобную структуру микропространства верхнего порядка. То есть не обязательно скопления галактик - это аналоги атомов. Просто вложенные пространства фрактально подобны, но не обязаны повторять друг друга. Вполне возможно, что через несколько итераций масштаба организация пространства будет повторять нашу (атомы). Пока мы не знаем конфигурацию фрактала Вселенной, поэтому необходимо принимать доступные нам масштабы пространства как данное. Причина в том, что на современном уровне развития мы не сможем попасть в другие макро- или микро-миры. Да и этого делать не обязательно. Наша Вселенная, да что там говорить, даже наша галактика Млечный путь содержит в себе столько удивительного, количество которого стремится к бесконечности 
  • Ограниченная скорость распространения определяет скорость течения времени. Чем крупнее масштабность мира, тем длиннее там протекают процессы относительно наблюдателя. За время пока моргает ваш глаз в субпространстве проходят эоны времени, так как процессы там протекают быстрее. И в то же время должны пройти миллионы земных лет, чтобы в наших галактиках произошли заметные изменения. Этот факт создает хорошо известный "принцип неопределенности", когда разрешающих способностей наблюдателя становится недостаточно, чтобы заметить слишком быстрое изменение процесса.

Нанокуб

Первая фаза проекта заключается в разработке программной модели молекулярной динамики и визуализации результатов симулирования.

То есть мы создаем "песочницу" в виде куба со стороной несколько сот нанометров, чтобы уместить там исследуемые образцы атомов и "отладить" движок MD.

Хостинг проекта : https://code.google.com/p/nanocube/

В настоящее время автор курит бамбук, изучает математический аппарат, медитирует в размышлениях об устройстве атомов-вихрей и вообще не бредовая-ли это идея  Если реальные атомы будут вести себя точно также, как и атомы-вихри в симуляторе, то проект перейдёт в следующую фазу. Если атомы-вихри - это просто попытка спроецировать похожие вещи на неизученные объекты, то этот проект будет отменён.

В принципе уже существуют подходы в симуляции молекул, в том числе с применением квантовой механики (MM, QM, QM/MM), но автор хочет проверить свои догадки в устройстве окружающего мира. И если это проканает, то будет зашибись.

Визуализация

Чтобы понять как отображать векторные поля я естественно вначале стал искать как это делают другие. Вот общепринятые методы рендеринга:

Понятно что направление векторного поля отображается нормалями (единичными стрелками), так как скорость потока в двух цветах не показать. Чтобы показать скорость потока, можно использовать обычный градиент, но говорят что отстойно получается. Небольшие вариации и размеры стрелочек отражают дивергенцию. Особенно эффектно выглядит наложение векторного поля на "белый шум" (LIC)

Трёхмерный вариант визуализации носит название "ёжик" (Hedgehog) 

Почитать про методы можно в этой PDF : http://biohim.net/files/vis_vector_field.pdf